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| D’après les chercheurs, chaque variété de riz détient sa propre carte génétique, inscrite au cœur de son ADN. |
| Photo : VNA/CVN |
Présenté récemment à l’occasion de l’Atelier international sur l’application des technologies génomiques à l’agriculture (SAGA 2026), le projet de recherche VN1K-RICE (1.000 Vietnamese Rice Genome Project), consacré au décodage du génome de 1.000 variétés de riz vietnamiennes, a été dévoilé par l’Institut de recherche sur les mégadonnées (VIBD) de l’Université VinUni. L’objectif est de constituer une base de données génétiques de vaste ampleur, destinée à servir de fondement à la sauvegarde des ressources génétiques locales et à la sélection de nouvelles variétés de haute qualité, mieux armées face au changement climatique et adaptées à une agriculture plus sobre en émissions.
Un décodage de 1.000 variétés de riz vietnamiennes
D’après les chercheurs, chaque variété de riz détient sa propre carte génétique, inscrite au cœur de son ADN. Ce sont précisément ces variations entre les génomes qui régissent une partie des spécificités de la plante, du parfum et de la consistance du grain jusqu’à la résistance à la sécheresse, à la salinité ou à certains pathogènes et prédateurs. Le séquençage du génome consiste à lire et cartographier ces données héréditaires, afin de cerner plus précisément ce qui façonne les attributs propres à chaque variété.
Au Vietnam, de multiples variétés traditionnelles et espèces sauvages de riz sont préservées au sein de banques de gènes, d’instituts de recherche et d’universités, notamment au Centre des ressources phytogénétiques, à l’Institut du riz du Delta du Mékong, à l’Université de Cần Thơ ainsi qu’à l’Académie vietnamienne d’agriculture. Ce réservoir représente un patrimoine d’une immense valeur pour la recherche et l’amélioration variétale. Pourtant, une part majeure de ces ressources n’a pas encore fait l’objet d’une caractérisation génomique complète, ce qui freine la repérage et l’exploitation des marqueurs héréditaires d’intérêt.
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| Le Pr Robert Henry, co-responsable scientifique du projet VN1K-RICE, évoque l’importance des données de génome de référence pour le riz vietnamien. |
| Photo : BTC/CVN |
Le projet VN1K-RICE a précisément été initié pour combler ce manque. Il ambitionne le séquençage intégral du génome de 1.000 échantillons de riz vietnamien, en démarrant par un premier noyau de 150 échantillons avant un déploiement à grande échelle. L’échantillonnage a été élaboré afin d’embrasser différents écosystèmes de culture : rizières irriguées, riz de montagne, zones littorales salinisées, terres soumises au balancement des marées, ainsi que des spécimens de riz sauvage.
L’un des axes centraux du programme réside dans la construction d’un génome de référence pour les variétés traditionnelles vietnamiennes. En pratique, il s’agit d’une matrice de données standard permettant aux scientifiques d’analyser plus finement les génomes d’autres variétés. Disposer d’un génome de référence étroitement lié aux ressources locales doit accroître la précision dans la détection des écarts génétiques et la quête de gènes liés à des caractères d’intérêt.
Le Professeur Robert Henry, directeur fondateur de la Queensland Alliance for Agriculture and Food Innovation (QAAFI) à l’Université du Queensland, en Australie, également enseignant associé à VinUni et co-responsable scientifique du projet, résume l’enjeu en ces termes : “un génome unique ne peut refléter à lui seul l’ensemble de la diversité génétique d’une espèce ; les chercheurs ont besoin de génomes de référence étroitement apparentés au matériel biologique étudié”. Pour le Vietnam, la création d’un tel référentiel à partir de variétés locales présente donc un avantage très concret, en ancrant la recherche au cœur du patrimoine génétique national.
Connecter les gènes aux traits agronomiques
Une fois les données génomiques collectées, l’équipe les croisera avec les bilans d’évaluation des traits observés pour chaque variété au sein de trois grands domaines écologiques. Les paramètres analysés cibleront notamment la qualité et la valeur nutritive du grain dont la consistance, l’arôme, la teneur en micronutriments et en protéines, mais également la résilience face à la sécheresse, à la salinité, aux fortes chaleurs et aux inondations, la résistance aux maladies courantes du riz, ainsi que les émissions de gaz à effet de serre découlant de la culture.
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| Le Pr Vũ Hà Văn, directeur scientifique de l’Institut de recherche sur les mégadonnées de l’Université VinUni, présente le projet VN1K-RICE lors de l’Atelier international sur l’application des technologies génomiques à l’agriculture (SAGA) 2026. |
| Photo : BTC/CVN |
La mise en relation des données génétiques et des particularités constatées sur le terrain doit permettre de révéler les connexions entre gènes et expressions phénotypiques. Il s’agira, par exemple, de déterminer quels gènes gouvernent l’arôme, lesquels accentuent la résistance au sel, ou encore quelles portions du génome pourraient aider à diminuer les émissions de gaz à effet de serre. Cette étape s’avère capitale pour repérer des ressources génétiques précieuses et les intégrer au sein de programmes de sélection.
Le Professeur Vũ Hà Văn, directeur scientifique du VIBD et responsable scientifique principal de VN1K-RICE, signale que le Vietnam bénéficie d’une ressource génétique locale particulièrement riche, mais demeure encore peu explorée à l’échelle du génome. À travers le programme AgriOmics-AI, l’équipe ambitionne de convertir les collections variétales aujourd’hui préservées en données exploitables, partageables et directement mobilisables en sélection, aussi bien pour le secteur végétal que pour l’élevage.
Des données génétiques
L’intérêt concret du projet réside principalement dans sa capacité à épauler la création de nouvelles variétés de riz. Une fois les gènes associés aux spécificités recherchées mis au jour, les chercheurs pourront employer les données ADN pour passer au crible le matériel végétal, sélectionner les sujets porteurs de gènes favorables et les incorporer dans des schémas de croisement.
Ainsi, une variété locale montrant une résistance remarquable au sel pourrait apporter des gènes précieux pour la mise au point de riz adaptés aux terres salinisées. Une autre, réputée pour son arôme ou la finesse de son grain, pourrait servir à enrichir les variétés déjà exploitées. Plutôt que de s’en remettre presque exclusivement à de longs cycles de croisements et d’évaluations étalés sur plusieurs générations, les scientifiques disposeront d’un levier additionnel, fondé sur l’analyse de l’ADN, pour déceler plus rapidement les traits génétiques ciblés.
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| Récolte du riz dans le Delta du Mékong. |
| Photo : VNA/CVN |
Le projet prévoit également la mise au point de lignées quasi isogéniques, à savoir des lignées génétiquement très proches, ne se distinguant que par la zone génomique étudiée. Ces éléments s’avèrent précieux pour valider le rôle exact de certains gènes et pourront aussi alimenter les chantiers de sélection. Les marqueurs ADN identifiés grâce aux données génomiques simplifieront, eux aussi, la repérage, la sélection et la validation de variétés porteuses de caractéristiques à haute valeur ajoutée.
L’intelligence artificielle tiendra un rôle déterminant dans l’analyse de volumes massifs de données génétiques, dans le dépistage de corrélations entre gènes et caractères, dans la modélisation des fonctions géniques et dans l’orientation des chercheurs vers les pistes les plus prometteuses. L’intention est limpide : transformer les séquences décodées en informations directement utiles pour l’amélioration variétale, plutôt que de les conserver à l’état de données dormantes.
Une agriculture décarbonée
VN1K-RICE s’insère dans le programme de recherche AgriOmics-AI 2026-2030 du VIBD. Cette initiative conjugue génomique et intelligence artificielle dans le but d’explorer, de protéger et de valoriser les ressources génétiques locales du Vietnam dans des domaines variés, des cultures végétales à l’élevage, sans oublier l’aquaculture et les micro-organismes utiles.
Les retombées escomptées de VN1K-RICE incluent les données génomiques de 1.000 échantillons de riz, un génome de référence de haute précision pour les variétés traditionnelles ainsi que des enseignements sur le fonctionnement des gènes. À terme, ce projet entend participer à la mise au point de variétés de riz de supérieure qualité, plus résilientes face aux aléas climatiques et parfaitement en phase avec une agriculture sobre en émissions.
Phương Nga/CVN
