Mme Alliot-Marie, critiquée depuis le début des événements en Tunisie, notamment pour avoir emprunté un avion d'un homme d'affaires tunisien proche de l'ancien président tunisien Ben Ali, avait présenté sa démission dimanche.
"Elle n'a pas commis de faute. Ce n'est pas une décision morale, c'est une décision politique", a dit M. Fillon, faisant allusion aux polémiques autour de Mme Alliot-Marie.
"La voix de la France n'était plus audible, parce que Michèle Alliot-Marie faisait l'objet d'une campagne injuste, dans la mesure où c'est quelqu'un d'intègre", a dit M. Fillon sur les ondes de la radio RTL.
Le Premier ministre français a décrit le remaniement ministériel annoncé le 27 février comme "un acte stratégique face à une accélération de l'histoire qui va avoir des conséquences que nous ne sommes pas en mesure d'imaginer sur l'ordre mondial".