L'agence météorologique japonaise a indiqué que la secousse était survenue à 06h51 (le 22 juin 21h51 GMT) à environ 50 kilomètres au large de Miyako (préfecture d'Iwate), à une profondeur de 20 km dans l'océan Pacifique.
L'Institut de géophysique américain USGS a lui enregistré l'hypocentre à 322 km de profondeur.
L'agence a immédiatement émis un "avertissement" contre un tsunami pouvant atteindre par endroit 50 cm de haut sur les côtes de la préfecture d'Iwate et de celle d'Aomori, plus au nord.
Quelque 8.000 foyers d'Iwate avaient également reçu pour instruction de s'éloigner de la côte, a annoncé la télévision publique NHK.
Mais après avoir constaté aucune élévation anormale du niveau de la mer sur la côte, l'agence météorologique a levé "l'avertissement" moins d'une heure après le tremblement de terre.
Selon la NHK, aucun dégât, ni aucune victime n'ont été signalés. Le trafic des trains à grande vitesse Shinkansen a été temporairement suspendu par mesure de sécurité.
"L'alerte" au tsunami est déclenchée lorsque des vagues pouvant atteindre deux mètres, voire trois mètres de haut -- alerte maximum -- sont attendues.
C'est ce qui s'était passé le 11 mars, lorsqu'un séisme de magnitude 9, le plus violent jamais enregistré au Japon, avait provoqué un raz-de-marée géant sur les côtes Nord-Est de l'archipel, faisant plus de 23.000 morts et disparus.
Une vague de 14 mètres de haut avait également endommagé les réacteurs de la centrale nucléaire Fukushima Daiichi, provoquant l'accident nucléaire le plus grave depuis la catastrophe de Tchernobyl en 1986.
AFP/VNA/CVN